開発者のsenshuさんよりコメント欄にてアナウンスいただいております、EEPROMの書込みが高速化されたavrdude最新版が公開されました。 http://www-ice.yamagata-cit.ac.jp/ken/senshu/sitedev/index.php?AVR%2Favrdude08#jfde12ca